Một hành vi cá nhân của Hiếu Vũ Đế đã ngay lập tức trở thành một vấn đề chính trị, ông được thuật lại là đã có mối quan hệ loạn luân với tất cả những người con gái của Lưu Nghĩa Tuyên còn ở tại Kiến Khang (tức giữa anh và em họ), điều này đã khiến Lưu Nghĩa Tuyên giận dữ. Thêm vào đó, do Lưu Nghĩa Tuyên và Tang Chí đã có đóng góp to lớn cho đại nghiệp của ông, nên họ có thể hành động với quyền hạn tối thượng trong các châu họ quản lý (Kinh Châu và Giang Châu), song Hiếu Vũ Đế cũng cố gắng để thiết lập quyền lực cá nhân của mình. Lưu Nghĩa Tuyên và Tang Chí do đó đã quyết tâm nổi loạn. Đến mùa xuân năm 454, họ cử người đến thuyết phục một người anh em của Lỗ Tú là thứ sử Dự Châu (豫州, nay là trung bộ An Huy) Lỗ Sảng (魯爽) tham gia nổi dậy cùng với họ vào mùa thu. Tuy nhiên, khi những người đưa tin đến, Lỗ Sảng đang ở trong trạng thái say rượu nên đã hiểu sai và ngay lập tức tuyên bố nổi loạn, tuyên bố Lưu Nghĩa Tuyên là hoàng đế. Bên cạnh đó, thứ sử Duyện Châu (兗州, nay là tây bộ Sơn Đông) là Từ Di Bảo (徐遺寶) cũng cùng tham gia với Lỗ. Khi hay tin về hành động của Lỗ Sảng, Lưu Nghĩa Tuyên và Tang Chí cũng đã nhanh chóng tuyên bố nổi dậy, song sau một thời gian ngắn thì họ mới tuyên bố Lưu Nghĩa Tuyên là hoàng đế.

Hiếu Vũ Đế hay tin bốn châu nổi loạn, ban đầu nghĩ rằng mình không thể chống chịu được và đã tính đến việc nhường ngôi lại cho Lưu Nghĩa Tuyên, song do em trai là Cánh Lăng vương Lưu Đản phản đối nên cuối cùng Hiếu Vũ Đế đã quyết định chống lại quân nổi dậy. Hầu hết các châu khác đã nhanh chóng tuyên bố ủng hộ Hiếu Vũ Đế, và thứ sử Ký Châu (冀州, nay là tây bắc bộ Sơn Đông) là Viên Hộ Chi (垣護之), cùng với Minh Dận (明胤) và Hạ Hầu Tổ Hoan (夏侯祖歡) đã nhanh chóng đánh bại Từ Di Bảo, buộc người này phải chạy trốn đến chỗ Lỗ Sảng. Mặc dù tàn bạo trên chiến trường song Lỗ Sảng vẫn tiếp tục uống nhiều rượu trong suốt các chiến dịch. Khi Lỗ Sảng gặp phải sức chiến đấu với quân của tướng Tiết An Đô (薛安都), Lỗ Sảng đã bị ngã ngựa và bị giết chết, điều này đã khiến cho quân của Lưu Nghĩa Tuyên và Tang Chí mất hết chí khí. Lưu Nghĩa Tuyên cũng không tin tưởng vào Tang Chí, và đã từ chối chiến lược tấn công trực tiếp vào Kiến Khang của Tang, thay vào đó Lưu Nghĩa Tuyên lại chọn cách giao chiến với quân của Hiếu Vũ Đế tại Lương Sơn (梁山, nay thuộc Sào Hồ, An Huy). Sau một số thất bại ban đầu, quân của Lưu Nghĩa Tuyên đã sụp đổ còn bản thân ông ta đã chạy trốn. Tang Chí cũng buộc phải chạy trốn song đã sớm bị giết chết. Lưu Nghĩa Tuyên cuối cùng đã bị bắt giữ rồi bị hành hình, kết thúc sự kiện do phe chống đối Hiếu Vũ Đế gây ra.

Sau cuộc nổi dậy, Hiếu Vũ Đế đã quyết định giảm bớt quyền lực của thứ sử các châu chính (Kinh Châu, Giang Châu, cũng như châu có kinh thành là Dương Châu (揚州, nay là Chiết Giang và nam bộ Giang Tô) bằng cách giảm bớt cương vực của các châu này, lập nên Đông Dương Châu (東揚州, nay là trung bộ và đông bộ Chiết Giang) từ Dương Châu và lập nên Dĩnh Châu (郢州, nay là đông bộ Hồ Bắc) từ Kinh Châu và Giang Châu. Tuy nhiên, việc này cũng khiến triều đình phải gia tăng thêm chi phí hành chính cấp cho các châu.

Năm 455, em trai mới 16 tuổi của Hiếu Vũ Đế là Vũ Xương vương Lưu Hồn (劉渾), đồng thời là thứ sử Ung Châu, đã viết lời bông đùa trong một bản văn rằng mình là Sở vương và cải niên hiệu, song Lưu Hồn thực tâm không hề có ý nổi loạn. Tuy nhiên, khi biết chuyện, Hiếu Vũ Đế đã tước bỏ tước hiệu của Lưu Hồn và giáng em làm thứ dân, và sau đó còn buộc Lưu Hồn phải tự sát. Đây là dấu mốc bắt đầu giai đoạn Hiếu Vũ Đế tước bỏ quyền lực của các em trai. Ngoài ra, thẩm quyền các quan giao tế cấp châu bắt đầu được tăng cường rất nhiều, lý do là vì họ có nhiệm vụ liên lạc giữa vua và thứ sử các châu và theo dõi hành động của các thứ sử cho hoàng đế.

Sau khi Hiếu Vũ Đế hết tang ba năm Văn Đế, ông bắt đầu dồn sức lực cho những trò tiêu khiển và dự án xây dựng. Thành chủ Kiến Khang là Nhan Thuân (người này đã giúp Hiếu Vũ Đế rất nhiều trong chiến dịch chống lại Lưu Thiệu và đã có một thời gian dài làm thuộc hạ cho Hiếu Vũ Đế) đã nhiều lần thúc giục Hiếu Vũ Đế hãy thay đổi cung cách sống của mình, vì thế Hiếu Vũ Đế trở nên không hài lòng với Nhan và đã cử Nhan đi làm thứ sử Đông Dương Châu. Trong khi đó, Hiếu Vũ Đế cũng trở nên nghi ngờ hoàng đệ Cánh Lăng vương Lưu Đản, Lưu Đản khi đó đang làm thứ sử Nam Yên Châu và đây là một người này có nặng lực và đã tập hợp nhiều chiến binh cho Hiếu Vũ Đế. Hiếu Vũ Đế vì thế đã thiết lập một hệ thống canh gác quân sự nghiêm ngặt giữa trị sở của Lưu Đản tại Quảng Lăng (廣陵, nay thuộc Dương Châu, Giang Tô) và kinh thành.

Năm 458, Cao Đồ (高闍) và nhà sư Đàm Phiêu (曇標) đã âm mưu phản loạn song bị phát hiện, Hiếu Vũ Đế vì thế đã ban hành một chiếu chỉ nhằm giảm mạnh số sư tăng và ni cô, song vì các thành viên trong gia đình Hiếu Vũ Đế thường xuyên có quan hệ với các ni cô nên chiếu chỉ đã không bao giờ được thi hành trên thực tế. (Hiếu Vũ Đế cũng nhân cơ hội này để vu cáo Vương Tăng Đạt (王僧達) có liên quan sau khi người này đã vô lễ với một cháu trai của Lộ Thái hậu tên là Lộ Quỳnh Chi (路瓊之), và Lộ Thái hậu sau đó đã kêu gọi Hiếu Vũ Đế giết chết Vương)

Do Hiếu Vũ Đế không tin tưởng các đại thần cấp cao, ông thường tham khảo ý kiến từ những thuộc hạ đã phục vụ lâu năm là Đới Pháp Hưng (戴法興), Đới Minh Bảo (戴明寶), và Sào Thượng Chi (巢尚之). Do đó, ba người này có rất nhiều quyền lực và giàu có, mặc dù trong thực tế thì họ chỉ có chức tước tương đối thấp.